普京入主克里姆林宫后，马上对总统办公厅进行了人事调整。出乎人们预料的是，沃洛申这位前朝元老任凭风声浪起，继续担当克里姆林宫大管家，并在幕后继续精心策划了一次次重大行动。
普京参加总统竞选期间，沃洛申亲自参与了代总统普京竞选纲领的制定工作。3月26日总统大选当天，沃洛申一直呆在普京的竞选总部跟踪选情。当总统选举初步统计结果公布后，沃洛申很高兴。他认为，普京获得52?94％的选票很正常，在他们的预料之中。
身为两朝元老的沃洛申可谓是一人之下、万人之上的风云人物。在经济改革问题上，他能够巧妙地周旋于政府各派和议员之间，沃洛申"似乎已使自己成为普京不可缺少的人"，他代表普京决定大多数敏感的政治问题，实际上是俄罗斯第二号最有权势的人物。
素有"铁血宰相"之称的俄罗斯总统办公厅主任沃洛申与副主任苏尔科夫被认为是叶利钦家族的代言人，是自由派和既得利益集团的总后台。也就是说，他们是尤科斯石油公司老板霍多尔科夫斯基的"后台"，他被认为是包括尤科斯石油公司在内的俄罗斯大企业的支持者。据说，苏尔科夫就曾在霍氏担任董事长的梅纳捷普国际金融集团里供职。而另外三位总统办公厅副主任梅德韦杰夫、维克多·伊万诺夫和谢钦则是"彼得堡帮"成员，是强硬派和新生代权贵的代表。这新旧两派人马在克里姆林宫内部的明争暗斗从未停止过。
在沃洛申毫不知情的情况下，霍氏被抓捕，实在是不给沃洛申面子，恼羞成怒的沃洛申在霍氏被捕后即向普京递交辞呈以示抗议。据说，早在三个月前，即尤科斯石油公司大股东列别杰夫被捕后，沃洛申就准备挂冠而去，但被普京婉拒。沃洛申辞职的消息闹得满城风雨，为了抢独家新闻，"莫斯科回声"广播电台的工作人员忙中出错，将事先准备好的沃洛申已经辞职的新闻稿提前发了出去，并迅速被国内外多家媒体转载。气得沃洛申打电话教训电台负责人说："你是不是在电台里喝醉了酒瞎胡闹？"
沃洛申的辞职使得叶利钦家族与"彼得堡帮"之间的矛盾、鸽派同鹰派之间的利害之争进一步白热化。有分析认为，沃洛申的辞职是"一个政治时代的结束，而对于另一些人来说，则是政策上的大调整"。代表俄罗斯原材料工业和金融业的利益集团也因此失去了其最大的靠山。
在普京当选总统的第二天，当记者问沃洛申是否继续担任总统办公厅主任一职时，他只是含蓄地回答："我当然要离开。但什么时候，我不知道。"这一次，沃洛申的这句话应验了。2003年10月30日，据俄罗斯国际文传电讯社报道，俄罗斯总统普京接受了总统办公厅主任沃洛申递交的辞呈，并任命梅德韦杰夫接替他的位置。