梅德韦杰夫向普京提交了改组总统办公厅的计划。2004年3月25日，俄罗斯总统普京在索契签署了总统令，批准该计划。梅德韦杰夫开始对总统办公厅进行大规模改组，只留下了苏尔科夫和谢钦为他的副主任，原先众多的副主任调任为"总统助理"。总统办公厅主任由原来的一正八副缩减到一正两副，办公厅由三个总局和一些局、司组成。负责总统新闻事务的部门将合并成立新闻信息局，此外还将合并内政局和领土局，裁撤经济局，成立专家总局。对于这种改革，梅德韦杰夫坦言主要是为了消除派系之争。他说："办公厅内有各派的斗争。当然，这也是一种常见的政治陈规旧套……最近五年，在总统办公厅内只有一派。这就是协助总统履行宪法权限的人们的团队。"他和苏尔科夫及谢钦确实组成了绝对忠于普京的最核心的团队。
俄罗斯媒体纷纷发表评论，认为普京此时重组总统办公厅并非单纯为了减员或者换将，而是想在第二任期开始之际重新为总统办公厅的职能定位。普京也半开玩笑地说，如果把以前的总统办公厅比喻成"革命指挥部"，那么"革命"已经结束，"革命指挥部"因此也就不再需要，总统办公厅将变成一个完全按照自身使命运转的有效管理工具。
如果联系改组的前因后果，普京和梅德韦杰夫的这一改革可谓含义深刻。
首先，普京在第两个任期开始之际，完全摆脱了叶利钦时代的影响力，"后叶利钦时代"完全成为历史。普京开始彻底放开手脚，大刀阔斧做自己想做的事情。
其次，联邦中央政权机构中有许多人来自圣彼得堡。普京与统一俄罗斯党关系融洽，而且该党占据了议会的绝对多数席位。此外，新一届政府成员与普京的工作关系也都非常默契。
最后，通过几年的努力，普京推行的"垂直领导"思路已经出现明显效果。地方领导人一改叶利钦时代"诸侯割据"的作风，对联邦中央积极配合，争先恐后地表达他们对普京的好感。
总统办公厅完成了自身角色的转换，简单地说，就是回归本色。但是它的神秘性依然如故。因为它位于莫斯科的老广场，此地曾经是苏共中央机关所在地。无论是在戒备森严的苏联时代，还是在民主自由的俄罗斯时期，老广场一直都是非常神秘的地方，人们都知道这个机构在俄罗斯政权中拥有特殊的权威，但外人对它的运作机制却知之甚少。叶利钦担任俄罗斯总统将近十年，他更换的总统办公厅主任、副主任不计其数。有人离开老广场后便不知去向，有人踩着这个台阶步步高升。俄罗斯现任总统普京就是从总统办公厅逐步走向权力巅峰的。而此时的梅德韦杰夫正是一颗冉冉升起的新星。