在稳住总理位子、顺利成为叶利钦的接班人之后，普京才签署命令，实现了他和伊万诺夫的首次权力交接：1999年11月，伊万诺夫出任俄联邦安全会议秘书，负责着手推动最为棘手的俄罗斯军队改革工作。
2000年普京上任后不久，"库尔斯克"号核潜艇失事给了俄罗斯军界重重的一击。2001年3月28日，伊万诺夫临危受命出任国防部长，开始着手收拾士气低迷、人心浮动的乱局。他顶住各方压力，着手推动俄罗斯军队的彻底改革。在伊万诺夫卓有成效的整军过程中，普京给予了强有力的支持，甚至不惜撤换了与伊万诺夫不和的总参谋长克瓦什宁。
伊万诺任副总理兼国防部长后，在俄罗斯民众心目中的地位一直略高于时任第一副总理的梅德韦杰夫。在当时看来，伊万诺夫成为下一任总统的可能性显然更大一些。
普京在第二任期开始之时为了精简机构、提高行政效率，把原来的30个部缩减为17个，曾将上届政府的6名副总理缩减到1名，由茹科夫担任。通过那次改组可以看出，在卡西亚诺夫下台之后俄罗斯未能建立起有效的权力机构，政府没有制定出统一的经济政策，这引起了普京的极度不满。他寄希望于通过调整领导层来加强政府的权威和提高其工作效率。因为，俄罗斯仍处在向市场经济过渡阶段，市场经济的法律体系和行为规范尚不完备，国家仍然要履行直接管理企业的职能，显然，一名副总理应对繁重的行政事务有些吃不消。为了实现强国富民的目标，普京明显加强了对经济特别是能源部门的控制，这样一种政策也需要加强行政权力。因此，普京新增设两位副总理，主要是纠正现政府人员不足的问题，提高其工作效率。将梅德韦杰夫任命为第一副总理，无疑是赋予其更大的权力和责任。
当然，普京此举还有另一层含义，就是为了更好地协调政府各部门间的关系。在现政府内，原政府留下的财政部长库德林和经贸部长格列夫都是强势人物，他们与弗拉德科夫总理都有矛盾，而且经常要由普京出面调解，影响了政府的工作。为了加强对重要经济部门的控制，总统办公厅的许多成员都兼任着国有大公司的领导职务。这些举措明显加强了总统行政系统的权力，政府内和社会上都有一些消极的反应。梅德韦杰夫成为政府第一副总理，可以强化政府对垄断行业的影响力，加强政府在实施国家重点项目方面的作用，把总统的班子从具体的经济事务中解脱出来。
从长远的角度讲，由于普京第二任期将于2008年结束，而且根据俄罗斯宪法规定，总统任期不得连续超过两届，所以这一次普京改组政府可谓一石激起千层浪。俄罗斯多家报纸认为，普京已将潜在接班人推向前台。他们认为，普京总统"出牌"了，他将两个潜在的候选接班人推向了政坛一线。