上世纪90年代，由于反洗钱法律不健全，俄罗斯国内洗钱活动猖獗，俄罗斯甚至一度成为"洗钱国度"的代名词。在此背景下，普京于2000年接任总统后下决心成立专门机构追踪非法资金的流向并借势发起打击"寡头"的运动，在财政部下设了金融监察委员会，普京任命祖布科夫这位老相识担任俄罗斯联邦金融监察委员会主席、财政部第一副部长。2001年，祖布科夫出任俄罗斯财政部第一副部长兼联邦金融监管局局长。
同年，俄罗斯通过了《联邦反洗钱法》。这部法律规定，无论是法人还是自然人，其办理的金融业务金额只要超过2.2万美元，都将受到金融监管部门的监督。而当年成立的联邦金融监管局就是专门负责反洗钱工作的联邦执行权力机关。祖布科夫担任这一重要机构的首任主管无疑显示了普京对他的信任。
新上任的金融监察局局长没有让普京失望。祖布科夫以"铁腕"整肃俄罗斯金融监管市场，严厉打击洗钱活动。祖布科夫铲除洗钱"毒瘤"的努力也得到了国际机构的认可。2002年，国际反洗钱组织——"金融行动特别工作组"宣布将俄罗斯从该组织"打击洗钱活动不力"的黑名单中删除。金融行动特别工作组是世界上最具影响力的反洗钱国际组织，是政府间国际组织，目前共有30多个成员、20多个观察员。
被普京任命为总理之后的祖布科夫似乎力图做出一些"撼动"俄罗斯政坛的举措。2007年9月18日，祖布科夫向总统普京递交了政府结构及人员组成的建议书，打出了"反腐败"的大旗。他的反腐方案包含两个举措：推进个人财产的申报制度和在俄罗斯联邦安全局内部建立反腐败委员会。"腐败和缺乏专业化完全可以毁灭俄罗斯。"他在新闻发布会上说。按照他的计划，2007年9月底，反腐败委员会将在联邦安全局内部组成。据俄罗斯媒体分析，即便在普京上任的头几年，也没有在联邦安全局内部进行过如此大规模的"反腐败"。因此，这一方案一经提出，就引起了俄罗斯社会的广泛争议。统一俄罗斯党的领导人公开说："我们不相信政府会整治自己身上的腐败。"俄罗斯媒体普遍认为，总理和联邦安全局的角力才刚开始，祖布科夫的这个方案表明，他要在刚上任时显示自己的威力。
祖布科夫开始总理生涯之后，支持率在节节攀升。2007年9月刚刚就任总理时还仅有3%，到10月份，这一指数已经升至13%。2007年11月，俄罗斯公布的一项民调也显示，多数俄罗斯人认为，刚刚上任的俄罗斯总理祖布科夫将接替普京，成为下届总统。媒体分析说，祖布科夫在就任总理前就和普京关系密切，任总理后又经常出现在国家电视台等重要媒体上，迅速建立了良好的公众形象，这也暗示了其当选总统的可能性很大。